Salies-de-Béarn reconstruite, la renommée de la localité va reprendre de plus belle. Des textes du XVIème siècle mentionnent que, vers 1568, les Dames de la Cour de Jeanne d'Albret, qui résident régulièrement au Château de Bellocq tout proche, se rendent fréquemment à Salies-de-Béarn pour y prendre les eaux. Jeanne d'Albret, mère du futur Henri IV, en éprouve elle-même "moult soulagement". - voir Château de Bellocq...

Les Huguenots de Salies : La Réforme s'introduit en Béarn au XVIème siècle et la région devient très vite la terre dominante du protestantisme. Des troubles sanglants éclatent entre huguenots et catholiques, c'est le temps de ce que l'on apellera les Guerres de Religion. En août 1569, le comte Gabriel de Montgoméry, répondant à l'appel au secours de Jeanne d'Albret, pénètre en Béarn à la tête d'une armée protestante pour y imposer de nouveau le culte réformé. C'est à Salies-de-Béarn, le 2 octobre suivant, que le comte Montgoméry proclamme la saisie de tous les biens d'église catholique romaine.
Au milieu du XVIIème siècle, le Béarn compte environ 30 000 protestants et la population salisienne, forte d'un temple "décoré au-dehors" est très largement acquise à la cause huguenote. En 1620, après l'assassinat d'Henri IV, le Béarn est rattaché au Royaume de France par son propre fils, Louis XIII. Salies-de-Béarn devient donc une ville du Royaume de France. - lire l'Église Réformée en Béarn...

Des Salines très convoitées : Pour financer ses guerres, Louis XIV, successeur du précédent, va vouloir prendre possession des salines pyrénéennes. Sur ordre du contrôleur général des finances Colbert, les divers intendants du royaume de France vont s’attaquer aux salines des royaumes pyrénéens en commençant par celle de Salies. L'autorité royale prétexte pour cela l’assistance que les villageois de Salies auraient portée à Audijos lors de la révolte antifiscale de Guyenne en 1664.
En 1675, un arrêt est rendu qui entend rattacher la saline au domaine royal. La Corporation des Parts-Prenants de la Fontaine Salée réagit alors prestement. Représentée par le syndic des États de Béarn, elle se pourvoit devant le Roi Soleil. La délégation lui présente les titres prouvant la possession immémoriale et paisible. L'État finit par s'incliner et la ville de Salies-de-Béarn sort finalement victorieuse de ce dangereux combat fiscal.

Napoléon 1er va, lui aussi, reconnaître le droit des Part-Prenants. Néanmoins, la suppression de l'impôt sur le sel (la gabelle) lors de la période révolutionnaire a entraîné la fin du monopole de vente du sel, et maintenant la concurrence du sel marin se montre grandissante et menaçante pour les producteurs de Salies-de-Béarn. Aussi, quelques décennies plus tard, en 1841, l'exploitation individuelle du sel de Salies devient industrielle avec la création des Salines de la Cité. À partir de là, afin de diversifier ses activités, Salies-de-Béarn va s'orienter vers le thermalisme afin de trouver au sel salisien un débouché médical.

Le thermalisme : En 1855, la Corporation des Part-Prenants, sous l'impulsion du docteur Nogaret, décide la construction du premier établissement thermal de Salies-de-Béarn, lequel est achevé deux ans plus tard. Très vite après l'ouverture aux curistes de ces thermes, Salies-de-Béarn va s'affirmer comme une station thermale reconnue, réputée et même en vogue.
En 1867 le bassin à ciel ouvert de la place du Bayaà où jadis on puisait l'eau salée suivant un rituel très réglementé est recouvert et, aux vieilles maisons béarnaises en pierre, aux belles demeures des XVIIème et XVIIIème siècles, vont s'ajouter des édifices typiques de l'architecture thermale de la Belle-Époque. Au début du XXème siècle, grâce à l'afflux des curistes et le développement des voies de communication, le tourisme commence ainsi à se développer à Salies-de-Béarn. - voir le thermalisme à Salies-de-Béarn...

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